Herramientas de laboratorio online



http://www.labtools.us/

Existen numerosas plataformas y páginas web que ofrecen un conjunto de herramientas muy útiles para utilizar en el día a día en un laboratorio, o para utilizar en tus estudios.

Las páginas de recopilaciones de herramientas gratuitas online son muy útiles para tener siempre a mano las páginas de cálculo, diseño, conversión de unidades... y muchas otras más.

En esta web de herramientas de laboratorio de acceso gratutito podemos encontrar muchas, y relacionadas con diversos aspectos y materias científicas: 

  • Genética molecular: diseño de primers u oligonucleótidos (Primer3, Primer BLAST, etc.); estudio de secuencias de ácidos nucleicos ADN, ARN (ClustalW, Tandem repeats finder, conversión a secuencias complementarias o reversas complementarias de ADN o ARN...); Cloning  (Vector builder, cálculo del ratio molar entre inserto y vector, búsqueda de dianas de restricción Neb cutter, Webcutter, Restriction Mapper, Rebase, PlasMapper para el diseño y dibujo de plásmidos...); Epigenética (CpG island searcher, herramientas para estudio de microRNAs); cálculo de eficiencia en PCR a tiempo real o quantitativa; cálculo de la concentración de ácidos nucleicos, diseño de árboles filogenéticos con Phylogenetic Tree Printer; búsqueda de secuencias promotoras con Promoter 2.0...
  • Proteómica: conversión de secuencias de ADN a proteína; cálculo del punto isoeléctrico de las proteínas y su peso molecular, Protein BLAST; elaboración de mapas de proteínas en 3D con FeatureMap3D; búsqueda de sitios de fosforilación con Netphos 2.0; búsqueda de distintos tipos de "motivos" en las secuencias protéicas con Scan Protein for motifs; búsqueda y comparación de anticuerpos; Patch finder plus...
  • Bioestadística: software de libre acceso y online como Xuru, Statistics Calculator o Simple Interactive Statistical Analysis.
  • Conversores de unidades: cálculo de concentraciones en protocolos, conversión de revoluciones por minuto a g en cuanto a la velocidad de centrifugación, cálculo de aceleración, conversores de temperaturas, frecuencia, distancias, tiempo, concentraciones, volúmenes...
  • Bases de datos: donde se recopila información y datos del genoma, de ARN, bases de datos de microarrays o de metilación de ADN, entre otras.
  • Otras herramientas: aquí podemos encontrar las herramientas que quedan "descolgadas" de las demás categorías, como puede ser la búsqueda de rutas metabólicas celulares o pathways, métodos de investigación, microscopía de fluorescencia (donde podemos comparar y escoger los mejores marcadores fluorescentes para los filtros de los que disponemos, cell staining simulation, searchlight, lifetech SV, BD spectrum viewer...); selector de antibióticos; búsqueda de esctructuras químicas; cálculo del número de bacterias en función de la OD600, correspondencia presión-temperatura...
  • Herramientas para descargar (download tools): tanto de softwares completos y gratuitos como de free trials o pruebas gratuitas abiertas por un periodo de tiempo concreto. Aquí podemos encontrar: R statistics (uno de los softwares de estadística más utilizados), herramientas de alineamiento de secuencias, como Clustal o Bio Edit; MEGA también para el estudio de secuencias; BestKeeper, utilizado para el estudio y comparación de genes de referencia o housekeeping genes en PCR a tiempo real o qPCR; Expression suite, para el cálculo del método del ΔΔCτ en qPCR; QTL para el análisis de Quantitative trait locus; Pedigree viewer...

Una herramienta completa y muy útil para tener siempre a mano:
labtools.us

Naranjas más saludables.



La naranja dorada o “Golden Orange”, desarrollada en Valencia (España) contiene hasta 36 veces más caroteno que una naranja común.

La naranja es uno de los cultivos más importantes a nivel mundial, además de ser una fuente importante de salud. Contiene una gran cantidad de antioxidantes, incluyendo carotenoides, vitamina C, y otras sustancias con propiedades saludables como los flavonoides y los polifenoles. Además, los efectos beneficiosos para la salud que aportan estas moléculas son mayores cuando son ingeridos de forma regular y en cantidades específicas, que cuando lo hacen como suplementos dietéticos.

En el trabajo recientemente publicado en la revista Plant Biotechnology Journal, un grupo de investigadores del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA), CSIC y de la empresa Biopolis SL, han obtenido una variedad de naranjas con un mayor contenido en su pulpa de β-caroteno, precursor de la vitamina A. Esta vitamina, también conocida como retinol o antixeroftálmica, es una vitamina liposoluble que interviene en la formación y mantenimiento de las células epiteliales, en el crecimiento óseo, el desarrollo, protección y regulación de la piel y de las mucosas. Esta variedad de naranjas, debido a su alto contenido en carotenos, tiene un color amarillo intenso por lo que la han denominado naranja dorada o “golden”.

Gracias a la ingeniería genética estas naranjas son más ricas en β-caroteno y dan fruto en menor tiempo. En ellas se ha modificado la expresión de dos genes, por un lado se ha bloqueado la expresión del gen β-caroteno hidroxilasa (CsB-CHX), encargado de la conversión de β-caroteno en xantofila, consiguiendo que se acumule mayor cantidad de β-caroteno. Por otro lado, se ha sobreexpresado el gen CsFT, encargado de la transición de la floración, lo que ha permitido que la planta florezca antes, y por lo tanto de fruto en un periodo de tiempo más corto.

Además, la mayor capacidad antioxidativa de estas naranjas doradas, fue demostrada in vivo, utilizando como animal modelo el gusano Caenorhabditis elegans. Estos gusanos cuando eran alimentados con pulpa de naranja dorada mostraban una mayor resistencia al estrés oxidativo, presentando un 20% más de supervivencia que los alimentados con pulpa de naranja control. Estos resultados ponen de manifiesto el gran potencial que la ingeniería genética tiene en la mejora de la capacidad nutritiva de los cultivos de árboles frutales.

Foto: Wikipedia

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La producción de leche en la vaca depende del sexo del ternero.




En los mamíferos, la reproducción tiene un efecto muy importante en términos de costes energéticos de la hembra, la mayoría de ellos durante el periodo de lactación. La síntesis de la leche en este periodo requiere en parte la movilización de reservas corporales.

Durante mucho tiempo se ha especulado si el sexo del feto afectaba o no a la capacidad de producir leche de la hembra gestante. En un reciente trabajo publicado en la revista Plos One, investigadores estadounidenses han demostrado, analizando las producciones lecheras de casi un millón y medio de vacas,  que efectivamente el sexo del feto tiene un efecto significativo en la producción de leche de la subsiguiente lactación. En este sentido, las vacas lecheras producen más leche si gestaron una hembra que, si por el contrario, fue un macho.

Además, también demostraron que el sexo del feto gestado en el primer parto tiene efecto persistente en la producción de leche, ya que cuando el primer parto es de una hembra, la producción de leche se incrementa una media de 445 kilos en las primeras dos lactaciones.

Es evidente que los estados nutricionales y endocrinos de la madre afectan a la progenie, sin embargo, el efecto contrario, en el cual la progenie tiene la capacidad de afectar la fisiología de la madre, pocas veces se había estudiado. Este trabajo pone de manifiesto que la cría, desde el útero, regula o programa de alguna manera el desarrollo y la función mamaria de la madre.

Foto: Noticias Ciencia

Relación entre chapapote y paros cardiacos en peces




Un vertido de petróleo crudo en el mar puede acabar con la vida de muchos peces, al provocarles un paro cardiaco.

Ya se sabía que el petróleo resulta cardiotóxico para los embriones de los peces, aunque no se conocía su mecanismo de acción concreto. Un equipo de investigadores estadounidenses ha demostrado que algunos de los componentes tóxicos del crudo, afectan a las células del corazón de los atunes, lo que provocan que los latidos se ralenticen y su ritmo se vuelva irregular, y en definitiva que pueda producirse un paro cardíaco.

Según cuentan estos investigadores, la función contráctil del corazón (sus latidos) depende de la capacidad de sus células de mover iones a ambos lado de sus membranas, como es el caso del calcio y el potasio. El movimiento de las moléculas se produce a través de unos canales o poros que conectan el interior de la célula con el exterior, y que son bloqueados por los tóxicos del crudo produciendo su su efecto.

Para llevar a cabo su estudio utilizaron células cardíacas de atún rojo (Thunnus thynnus) y atún claro (Thunnus albacares), que fueron expuestas a concentraciones de petróleo similares a las que habían experimentado los animales afectados por la catástrofe, que tuvo lugar en abril de 2010 en el golfo de México por el hundimiento de de la plataforma petrolífera Deepwater Horizon. Entonces se comprobó cómo las células cardiacas modificaban su intercambio iónico como respuesta a la exposición al crudo, produciendo la descoordinación de los movimientos de contracción y la ralentización del músculo cardíaco, lo que puede finalmente acabar en una arritmia.

Este trabajo, recientemente publicado en Science, también advierte que dado que el funcionamiento de estas células cardiacas de atunes es similar en el resto de los vertebrados, este efecto cardiotóxico afectará  igual a otros animales, e incluso a los humanos.

Referencia:  Fabien Brette, Ben Machado, Caroline Cros, John P. Incardona, Nathaniel L. Scholz, Barbara A. Block. “Crude Oil Impairs Cardiac Excitation-Contraction Coupling in Fish”. Science, Science 14 February 2014: Vol. 343 no. 6172 pp. 772-776. DOI: 10.1126/science.1242747

Foto wikipedia

Ballenas grises siamesas




Encuentran en México dos crías de ballena gris unidas por el vientre

Cada año, en su proceso normal de migración, cientos de ballenas grises viajan desde los mares de mares de Bering y de Chukotka, cerca del océano ártico en la costa de Alaska (extremo noroeste del continente americano) donde tienen su zona de alimentación, hasta las costas del noroeste mexicano para aparearse y dar a luz a sus crías. Estos animales llegan regularmente a su cita en Diciembre atrayendo a miles de turistas para avistarles, donde permanecen unos tres meses.

Tras un viaje de casi 10.000 kilómetros, estos cetáceos llegan a sus sitos favoritos en Baja California, entre los que se encuentra la Laguna Ojo de Liebre, pero también otros como la Laguna de San Ignacio y la Bahía Magdalena.

Hace apenas unas semanas un grupo de pescadores mexicanos hallaron a la deriva a dos inusuales crías siamesas de ballena gris en una de estas lagunas. Según las autoridades del CONANP (Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas), se trataba de dos ejemplares siameses recién nacidos de ballena gris que presentaban dos cabezas y dos colas, unidas por la región ventral comparten una porción de su cuerpo a este nivel.

Ahora, los cetáceos siameses, que medían unos cuatro metros y pesaban casi media tonelada, están siendo estudiados por científicos, que planean recorrer los santuarios naturales de la ballena gris para identificar otros posibles casos de este extraordinario fenómeno, según añadieron expertos del CONANP, y que se tomaron muestras de piel, músculos y barbas de la ballena para continuar con el estudio de estas criaturas únicas.

 En el siguiente video se pueden ver algunas imágenes de esta asombrosa noticia.



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Tiburón con dos cabezas

Los gatos son capaces de reconocer la voz de sus dueños, aunque no hagan caso.





Seguramente la mayoría ya lo podíamos intuir, pero una investigación reciente ha demostrado que los gatos domésticos son capaces de reconocer la voz de sus dueños, aunque no siempre les parezca suficiente como para reaccionar ante ello.

Unos investigadores japoneses han llegado a esta conclusión después de llevar a cabo un experimento con una veintena de gatos domésticos. A estos animales les ponían grabaciones de sus dueños llamándolos, además de otras tres grabaciones de otros tantos extraños llamándolos usando las mismas palabras. Cuantificaron las reacciones de los felinos teniendo en cuenta las veces que éstos movían la cabeza, cola, patas u oreja, o bien maullaban o dilataban sus pupilas. Aunque los gatos respondían de forma diferente cuando eran sus dueños los que les llamaban, respondían a la voz humana no con un comportamiento comunicativo (vocalización y movimiento de la cola, como haría un perro), sino con un comportamiento de orientación (movimiento de las orejas y la cabeza).

Los autores del trabajo explican este comportamiento teniendo en cuenta la historia de la evolución de los gatos desde su domesticación. Con el desarrollo de la agricultura en las sociedades humanas, los gatos pasaron a ser de gran ayuda para depredar sobre los roedores que eran atraídos por los almacenes de grano, y se fueron domesticando ellos mismos. Es decir, al contrario que los perros, los gatos no han sido domesticados para obedecer a los hombres.

El artículo ha  sido publicado en Animal Cognition:

El miedo puede heredarse



En Nature Neuroscience (DOI: 10.1038/nn.3594), se ha publicado recientemente un trabajo que podría rescatar el espíritu del Lamarckismo. El miedo a un determinado olor puede pasarse a generaciones posteriores. 
 
Los ratones cuyo padre o abuelo aprendió a asociar el olor de la flor de cerezo con una descarga eléctrica, se ponían muy nerviosos en presencia del olor de esas flores. Aunque nunca hubiesen sufrido las descargas, asociaban ese olor con algo negativo. 

Esta investigación ha sido dirigida por Brian Dias en la Escuela de Medicina de Emory University (Atlanta). En los resultados publicados se ofrecen algunas pruebas de la herencia de recuerdos a través de generaciones . Al mismo tiempo, también se arroja luz sobre el mecanismo biológico por el cual estos rasgos podrían ser pasados ​​de generación en generación . 

Estudios previos han sugerido que los eventos estresantes pueden afectar el comportamiento emocional o el metabolismo de las generaciones futuras, posiblemente a través de los cambios químicos en el ADN que pueden desactivar genes, el mecanismo conocido como herencia epigenética

Aunque se han observado cambios epigenéticos, identificar cuáles son relevantes, es como buscar una aguja en un pajar, ya que son muchos los genes implicados en controlar comportamientos o enfermedades metabólicas.
En el caso del olfato, olores individuales, tales como el olor de la acetofenona (el principal olor percibido en la flor de cerezo) a menudo se unen a receptores específicos en el bulbo olfativo, en este caso a un receptor de olor llamado M71 .  Según señalan los autores, " Como se conoce el gen que codifica este receptor, podemos centrarnos en él, para acotar el campo de trabajo".

Loa ratones machos previamente condicionados para asociar el olor de acetofenona con una descarga eléctrica, desarrollaron "miedo" ante este olor como resultado. También desarrollaron más receptores M71, lo que les permitió detectar acetofenona en niveles mucho más bajos. 

Bryan Dias y Kerry Ressler, también en Emory, tuvieron espermatozoides de estos ratones condicionados y lo utilizaron para inseminar a ratones hembras. Cuando los hijos de estas parejas fueron expuestos a acetofenona se mostraron más nerviosos que cuando olían un olor neutro, a pesar de que nunca habían olido antes acetofenona. Lo mismo puede decirse de los grandpups, los nietos de los ratones condicionados también mostraron este miedo ante el olor.  Cuando las crías se expusieron a un olor diferente, no mostraron ningun tipo de respuesta. 


La descendencia también tenía más receptores de M71 en sus cerebros que los ratones nacidos de padres que no habían tenido el olor acondicionado y eran más sensibles a ella, lo que sugiere que hay algo en el esperma que está informando o permitiendo que esta nueva información sea heredada.

La secuenciación del ADN de los espermatozoides de los ratones abuelo y sus hijos también reveló marcas epigenéticas en el gen que codifica los receptores M71, lo que no se observó en los ratones de control. Los ratones hembra condicionados al miedo a la acetofenona también parecían transmitir esta "memoria " a la siguiente generación , aunque todavía no se han analizado las marcas epigenéticas en los ovocitos.

Moshe Szyf en la Universidad de McGill (Montreal, Canadá), describen los resultados como sin precedentes y sorprendentes. "Esto sugiere que hay una transferencia transgeneracional muy particular, específica y organizada de la información", dicen. Marcus Pembrey de la Universidad de Bristol (Reino Unido) está de acuerdo, y señala que "Ya es hora de que los investigadores de salud pública tomen en serio las respuestas transgeneracionales humanos", dice . "Sospecho que no vamos a entender el aumento en los trastornos neuropsiquiátricos o la obesidad , la diabetes y los trastornos metabólicos en general, sin tener un enfoque multigeneracional . " 

El misterio sigue siendo cómo un mal recuerdo podría conseguir transmitirse a los espermatozoides y los cambios químicos rápidas en el DNA, o cómo estos cambios químicos podrían traducirse en un cambio de conducta en los hijos. Aunque existen algunas teorías, como la presentada en "Cómo heredar un recuerdo".

Otra cuestión es cuántas generaciones afectan tales cambios epigenéticos. "¿El cambio epigenético eventualmente se convierten en genética y luego se fija ? " comenta Szyf . Sin embargo, no todos están convencidos de que los recuerdos de olores pueden ser heredados. Por un lado, no todos los descendientes de los ratones condicionados por un olor, eran más fáciles de asustar que los ratones del grupo control. 

Además, Dias y Ressler han proporcionado pruebas de que los cambios epigenéticos que encontraron en los espermatozoides fueron directamente responsables de los cambios funcionales en el cerebro . " La idea de que algo que han olido y se convierte en "sensible" y puede ser transmitido a través de generaciones es impresionante , pero creo que necesita datos verdaderamente robustos para apoyarlo", dice Isabelle Mansuy en la Universidad de Zurich , Suiza. "Es una cuestión tan importante - una que toca los conceptos fundamentales de la genética y la epigenética - por lo que es extremadamente importante que el diseño experimental sea riguroso y los datos ser interpretados cuidadosamente. "